สมาคมแพทย์อายุรเวทแผนไทยประยุกต์แห่งประเทศไทย (ในพระสังฆราชูปถัมภ์) ได้ก่อตั้งขึ้นจากแนวความคิดของ ศ.นพ.อวย เกตุสิงห์ ที่ต้องการให้ศิษย์เก่ารวมกลุ่มกัน เกิดความสามัคคีในหมู่คณะ สนับสนุน โรงเรียนอายุรเวทวิทยาลัยฯ (ในสมัยนั้น) และศิษย์เก่าด้วยกันเอง รวมทั้งทำกิจกรรมที่เป็นประโยชน์ต่อสังคม โดยเริ่มแรกที่ยังไม่มีสมาคม ได้จัดตั้งเป็น "ขมรมศิษย์เก่าแพทย์อายุรเวท" มาก่อน โดยมีนายทองปลิว จรรยาวัฒน์ เป็นประธานชมรมคนแรก โดยชมรมศิษย์เก่าฯ ได้หน้าที่เป็นผู้ประสานงานกับศิษย์เก่าในการดำเนินกิจกรรมต่างๆ เช่น จัดทำจุลสาร งานประชุมศิษย์เก่า เพื่อสร้างความสัมพันธ์ระหว่างศิษย์เก่า สถาบัน และสังคมหลายกิจกรรม ได้ดำเนินงานในรูปแบบของชมชมรมอยู่หลายปี มีกรรมการชมรมศิษย์เก่าหลายชุด จนกระทั่งเมื่อปี พ.ศ.2537 อาจารย์ประกิต สุมนกาญจน์ ได้นำศิษย์เก่า ประกอบด้วย นายทองปลิว จรรยาวัฒน์ นายสุวรรณ ตั้งจิตรเจริญ นางสาวสร้อยศรี อนันตประเสริฐ นางสาววันทนี ธัญญาภิวัฒนา และนางสาวสุภาวดี ดอนเมือง ไปปรึกษา รศ.พญ.บุญเรือง นิยมพร      ผู้อำนวยการโรงเรียนอายุรเวทวิทยาลัยฯ เพื่อขอจัดตั้งสมาคมแพทย์อายุรเวทฯ โดย  รศ.พญ,บุญเรือง นิยมพร ได้ให้ข้อคิดเห็นและแนวทางการจัดตั้งสมาคมฯ หลายอย่างและยินดีเป็นผู้ก่อตั้งนอกจากนี้ รศ.พญ.บุญเรือง นิยมพร ยังได้กราบทูลขอประทานพระเมตตาจากสมเด็จพระญาณสังวรสมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปรินายก เพื่อรับสมาคมแพทย์อายุรเวทแผนไทยประยุกต์แห่งประเทศไทยไว้ใพระสังฆราชูปถัมภ์ และท่านทรงพระเมตตาประทานอนุญาตรับสมาคมแพทย์อายุรเวทฯ ไว้ในพระสังฆราชูปถัมภ์ เมื่อวันที่ 10 พ.ย. 2537 หลังจากนั้นจึงได้ยื่นขอจดทะเบียนเพื่อก่อตั้งสมาคมแพทย์อายุรเวทฯ และได้รับอนุญาตให้จัดตั้งสมาคมฯ ได้เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ.2537 โดยมีกรรมการผู้ก่อตั้งสมาคมฯ ประกอบด้วย

1. รศ.พญ.บุญเรือง นิยมพร

2. รศ.พญ.นันทพร นิลวิเศษ

3. อาจารย์ประกิต สุมนกาญจน์

4. พันตำรวจโทพูลชัย พร้อมเพรียงชัย